Евгений Михайлович Ботяров родился 3 августа 1935 года в селе Кузьмино Собинского района Владимирской области. В 1956 году окончил Музыкальное училище при Ленинградской консерватории, в 1961 - Московскую консерваторию,в 1964 - аспирантуру при Московской консерватории. В 1970-1980 гг. - член редакционного совета камерно-инструментальной редакции издательства «Советский композитор».
С 1995 года - член комиссии Союза композиторов России по музыкально-эстетическому воспитанию детей и юношества, участвует в организуемых ею музыкальных фестивалях.
В 1964-66 гг. преподавал в Музыкально-педагогическом институте имени Гнесиных, с 1966 года - в Московской консерватории. С 1995 года – профессор, с 1997 – заведующий кафедрой инструментовки.
Автор сочинений для солистов, хора и оpкестра, инструментальной произведений, музыки для спектаклей и мультфильмов, романсов на стихи Есенина и Евтушенко, песен: "Белые голуби" (А.Барто), "Вернусь, сказал солдат",
"Вот трубачи трубят" (Е.Агранович), "Вожатый и другие" (Л.Дербенёв), "Вы мальчишки", "Давайте дружить" (М.Пляцковский), "Гагаринцы" (Л.Хрилёв), "Дружба настоящая" (П.Синявский), "Жёлтый слон" (Ю.Яковлев) и др.
Член Союза композиторов СССР (1963), Заслуженный деятель искусств РФ (1995), член Союза кинематографистов РФ (2000). Награждён Орденом Дружбы (2002) и Орденом Почёта (2007). Умер 14 мая 2010 года.